在历史上，金刚乘一直面对它是否为佛陀教法的质疑。就如同印度的小乘佛教宗派声称大乘不是佛陀的真正教法而加以拒斥，有些小乘和大乘的教派也同样地抨击金刚乘佛法的真实性。
就某些角度来看，这是能够了解的。佛教是在古印度发展出来的，印度文化由种姓系统和明确界定的行为准则来支配，由神圣又过分精神化的婆罗门贵族订定了社会上可接受的宗教标准和宗教信徒行为的规范。婆罗门的宗教道德观，除了平常的不杀生、不邪淫等等之外，还包括了严格的饮食规则，规定行者要吃净素，不可吃洋葱、大蒜等具有强烈气味的食物，绝对不可饮酒；此外还有其它在现代会被认为很极端的限制，例如，一位婆罗门，只要被贱民的影子碰到，就必须经历很复杂的净化仪式来清净自己。
除此之外，社会普遍存在着一种期望，认为宗教的功能在于传播一套道德规范，教化出温文有礼的人民，强调健全、温和、仁慈等等的品性，人们期望宗教导师和教法成为那个宗教最高和最严格道德标准的规范。金刚乘和这些期望背道而驰，它经常使用一些看起来野蛮而怪异的行为，它的教法与修行方式也非常让人惊讶，要相信这种教法来自温和宁静化身的释迦牟尼佛，实在有点困难。
金刚乘面临的另一个问题，就是许多人误以为金刚乘是印度教的一种形式，因为金刚乘里有一些仪式以及各种多手多头甚至动物头的本尊，都和印度教很相似。而一般所接受的三藏中，也找不到金刚乘的东西。所以对于某些人来说，这样就有足够的理由，认为金刚乘是受到印度教的影响。
有一部分的问题之所以会发生，是因为金刚乘的教法无法公开修行，而有时候这个层面就遭人曲解了。金刚乘或密续的教法，长久以来都只限于传给一小群上等根器的特别弟子。而且传法也很秘密，通常都选在大众废弃或避免接近的地方。由于包围着它的神秘性，密续很不幸地被误认为是低俗、不健康的，或者总使人觉得有点不太对劲，把它当成是一种危险的宗派。实际上则刚好相反，因为金刚乘太珍贵了，所以需要保持秘密。你不会把自己最宝贵的东西拿给每个人看，也不会到街上大肆宣扬你把宝贝放在哪里、钥匙藏在哪里，因为你知道如果这个消息传到了坏人的耳里，就有不少麻烦，甚至会失去那件宝贝。
如果你能公正地研读金刚乘典籍，就能了解到它们和佛法基本教义一点也不冲突。有些学者认为金刚乘不是佛法，而一再地否定金刚乘，但是他们一直都无法证明自己的观点。持相反立场的许多学者，则认为金刚乘是佛法的究竟教授。
然而，这些日子以来，金刚乘不再被当成需要躲避的教法，反而变成新潮而入流的东西了。欧美国家很流行修金刚乘，因为人们误以为金刚乘允诺透过放浪的行为与情绪的满足就能成佛。虽然金刚乘被认为是善巧法门的一个原因，就是金刚乘配合人们的烦恼；但是因为某个法门符合自己的情绪就以它为道，可能是个完全的错误。金刚乘配合人们的烦恼，也不等于给你一张执照，让你放纵情绪、胡乱作为。今天人们修行金刚乘的动机，就很像有个人做了丢脸的事，寻找另一个具有相同罪恶秘密的人，然后两者都可以松一口气地想着：“啊，又不是只有我一个！” 同样地，人们经常把金刚乘误用来确认他们已做或想做的事是对的——这是彻头彻尾的错误。
大众文化似乎已经接受了金刚乘，或者至少接受了它本身对于金刚乘的扭曲看法。多少世纪以来，金刚乘教法都是伟大金刚大师们紧紧守护的秘密，这些大师几乎都是以一对一的方式，把教法传给那些能够了解又能以它利益众生的弟子。今天，同样的金刚乘教法，却几乎在任何书店都能找得到。而很讽刺的是，它们常被归于新时代一类的书。把金刚乘的教法商品化，并广为宣传，这实在是佛教历史中不可思议的悲惨状况。
近年来金刚乘的复兴和大发扬，是真的吗？好的吗？这非常有问题。在西方国家里，似乎主要把金刚乘用来核准烦恼和由烦恼衍生的一切行动。在东方国家，人们则把金刚乘当成可以魔术式地调整轮回、让他们满意的一种方法，持诵真言是为了致富、有权力、长寿与生意兴隆。许多这种商人以欺骗别人达到成功，间接上，金刚乘的修行被用来骗人，这种动机可以从灌顶、真言、手印和其它事物的渴望中看出端倪。这种对金刚乘教法肤浅而迷信的滥用，是一种对世俗权力与立即的满足渴望，而非企望成佛的征象。在这些以及其它谬误中，金刚乘正走向毁灭。
佛陀曾经说过，佛法之道无法被任何外力摧毁，佛法就像兽中之王的狮子一样，无法被其它的动物摧毁，它只会因为自己的愚昧毁掉自己。有个古老的故事记载着，一只狮子看到自己在湖面的倒影，以为那是另外一只动物，就跳下水去攻击，结果淹死了。这就是正发生在佛法，尤其是金刚乘的事情。金刚乘的衰败是因为那些既不明白金刚乘，也不关心金刚乘的人，大肆宣传并滥用金刚乘的结果。
看到这么多负面的现象之后，试着想一些正面的事。金刚乘非常高深、奥妙，因此不是每一个人都能了解的，十万个弟子之中，可能只有一个能成为好的金刚乘修行人。我们可能认为自己了解金刚乘，在肤浅的层次上，也许我们算是了解；然而，金刚乘的真实意义是极难看透的。因此有些学者把金刚乘称为自秘教授：如果你能了解，就能获得解脱；如果不能了解，那么因为不了解，它对你而言就仍旧是个秘密。这虽然好，但却无法全靠它，因为金刚乘已经面临太多的破坏了，那些不了解它的奥意的人，滥用金刚乘作为建立巨大自我并加强轮回染污的工具。
大乘与金刚乘有相同的目标：也就是成就完全的佛果。一般而言，这两派有相同的见解，但是成就果位的方便道或方法不同。简单地说，金刚乘常被认为是果乘，而大乘则被认为是因乘或体性乘。如果把佛法分成声闻乘、缘觉乘和大乘三部分的话，金刚乘很明显地应该归于大乘。如果把佛法分成经律论三藏，金刚乘该归于哪一藏，不同学者就有不同的看法了。有些学者把金刚乘归在论藏，因为金刚乘包含了许多智慧的教授；另外有些学者则认为金刚藏是第四藏，也就是单独算一藏。
大乘被称为因乘，因为大乘主要是在教导成佛的因，正见、正定和正行是成佛的根本。大乘认为要成佛就必须具足种种正思惟，必须净化某些染污等等。在前面衣服与尘垢的例子中，大乘广泛地介绍了洗衣服的方法。当然，大乘非常清楚衣服超越污垢与干净，但是大乘也很具足智慧，知道大多数的人无法接受这点，所以大乘中有许多善巧方便，对于如何洗净衣服有明确而详尽的教法。
大乘也有许多其它的技巧，引导人们趋向真理。例如，假设你房间里有一个稀奇珍贵的珠宝，而你有位极端固执的朋友，当你告诉他的时候，他不但不相信，还非常确定他的看法是对的，甚至不愿意到你房间来看一看。当然，你不能强迫他，因此你就不提珠宝的事，你使用一个技巧引他到你房间去，说：“我把房子油漆了一下，你要不要去看一看漆得怎么样？”
有些佛法是间接的，需要加以说明；有些则是直接的，不用加以说明。直接的教法就是直接说：“我的房子里有个珠宝，你应该过来看一看。” 需要说明的教法是引导别人来看珠宝的善巧方便，用他相信的、有兴趣的东西作为一条皮带，牵着他来。这种教法就好比是告诉一个喜欢室内装潢的人：“我把房子重新装潢了一下，愿不愿意到我那里去看看新的配色怎么样啊？”
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