“直贡”是地名，又译“止贡”、“枳孔”等，《明史》等汉文史料写作“必力工”，位于今西藏自治区墨竹工卡县境内，地当拉萨吉曲河上游的秀绒河畔。1179年，帕珠噶举的创始人帕珠·多吉杰布(1110～1170年)的大弟子之一仁钦贝来到直贡地方，从木雅·贡仁的门徒手里接收了一座小庙，在此基础上创建了直贡梯寺，从此兴盛发展起来的教派称为直贡噶举派，是达布噶举“四大八小”之一小派。
直贡噶举派的创始入仁钦贝(1143～1217年)的梵文名为热那室利，又尊称为觉巴仁波且(救宝)和吉丹滚(世间怙主)或吉丹松吉滚(三世间怙主)，还有尊巴杰和多吉贝等名字。他出生在四川邓柯地区的居热家族，自小跟父亲学习大威德金刚法，l167年前往西藏参拜帕珠·多吉杰布，学习噶举派教法，成为帕珠·多吉杰布的大弟子。他曾身患麻风病，后通过修炼密法治好了自己的病，而且治愈了很多麻风病患者。1177年，仁钦贝受沙弥戒和比丘戒，并出任帕珠丹萨梯寺主持，不久又被迫离开丹萨梯寺。创建直贡噶举后，仁钦贝派出身于朗氏家族的京俄·扎巴迥乃担任帕珠丹萨梯寺的主持，从此，不仅把帕珠丹萨梯寺交给了朗氏家族，而且受直贡派的控制。京俄·扎巴迥乃是仁钦贝的近侍之一，也是直贡寺的第三任主持。 1240年蒙古兵到西藏，一路抢劫掠杀，热振等寺的许多僧人被杀，直贡地区的政务官被擒，京俄·扎巴迥乃使用神通保护了直贡寺(《贤者喜宴》第1416页)。蒙古将军多达那波向阔端王报告西藏情况时所说的“最具神通”者就是这位京俄·扎巴迥乃。
上图：直贡梯寺
直贡地区为前藏中心，处在康藏通要口，农牧杂处，人口稠密，经济发达。由于有利的地理位置以及直贡·仁钦贝本人严格持守戒律，修行有成就等人格力量的吸引，直贡派创建后得到了迅速的发展。据《直贡法嗣》等史料记载，建立直贡梯寺后不久的一次夏居法会上聚集了10万余僧人，仁钦贝派二千七百名僧人到杂日、拉齐、冈底斯等三圣山去开山建点、居山隐修。“但来年所聚弟子竟达13万之多。”(《直贡法嗣》)在第四任主持迥·多吉扎巴(1210——1278年)时期僧人竟达18万之多。僧众最多的时候竞达18万人，这种现象是空前绝后的。当时的弟子并不需要僧舍，岩洞、石板屋、帐篷都可以作为居处，听完法后再前往各地去修行。谚语“山皆直贡山，坝皆直贡坝”可能就是从这时开始流传的。当时元朝在西藏设立十三万户府，直贡政务官获得了万户长的封号，而且与萨迦本钦一样有宣慰使的头衔，这是元宣政院地方职官品级最高的头衔。
随着直贡派势力的急剧膨胀，直贡万户出于政治、经济、教派利益的需要，力图与萨迦派分庭抗礼，在第七任主持觉侬巴·益西多吉(1223～1293年) 时期，直贡万户与西蒙古军队相勾结，企图推翻萨迦地方政权。1290年，忽必烈派来大军与西藏各万户军队一起打败了直贡与西蒙古联军，直贡政务官被擒获处死，烧毁了直贡梯寺，数千名僧人惨遭杀戮。觉侬巴带着居热族后裔逃往工布地区，直贡派失去了大部分土地和属民，直贡噶举派遭到了毁灭性打击。史书称这次事件为“直贡寺乱”。经过萨迦派帝师扎巴沃色调停和斡旋，忽必烈下诏修复直贡寺，直贡派的元气又得到逐渐恢复。但时隔不久，第九任主持多吉杰布(1284～1350年)时期，直贡万户又联合雅桑和蔡巴万户与帕珠万户对抗。帕珠万户先后打败了雅桑和蔡巴，于1349年征服了直贡，并把直贡寺大殿置于其监管之下，其实力又一次大为削弱。《直贡法嗣》等承认这次事件的主要责任在于直贡万户长即直贡贡巴。
明朝时期，直贡派仍然是西藏具有较大影响的教派之一，直贡寺的第十任主持尼涅巴·曲吉杰布(1335～1407年)是宗喀巴大师从青海到西藏时见到的第一位上师。1402年明皇封第十一任主持顿珠杰布为灌顶大国师，并给直贡政务官赐以宗基诏敕。1413年，明永乐帝册封第十二任主持仁钦旺杰为阐教王。到了十五世纪后十六世纪初，直贡派又联合噶玛噶举及其支持者仁蚌政权合力对付新兴的格鲁派及其支持者帕珠政权，最后以失败告终，臣服于格鲁派之下。同时，直贡派内部的矛盾和斗争也日益突出，直贡派自己的密法大部分失传，而宁玛派的密法得到广泛公开的传播，直贡派的主持“成为宁玛派的大持咒者”。重视戒律的宗风已遭废弃。
直贡寺除了堪钦古热瓦和觉侬巴等在非常时期出任主持作为过度外，一直由居热家族成员担任主持。到了第二十三任主持贡觉平措(又名仁增曲扎1595～1660年)后居热家族血统断绝，开始采用转世制度，并形成两个转世系统。第二十二任主持和第二十三任主持是兄弟，都没有子嗣。于是第二十二任主持圆寂后由第二十三任主持寻找其转世灵童，使之成为第二十四任主持，其系统称为“切仓”(即大府邸)，现已转世七代；第二十三任主持圆寂后，由第二十四任主持寻找其转世灵童，成人后成为第二十五任主持，其系统称为“琼仓”(即小府邸)，已转世八代。两个转世系统的活佛互为师徒，轮流担任主持。
直贡派以直贡替寺为中心，周围有杨日噶尔、德仲、宗萨尔等众多寺院和天葬台等，形成宗教中心，而且一直向冈底斯、拉齐、杂日等圣地派遣僧人，并开创了马年转冈底斯山、猴年转杂日山等活动，在阿里、后藏、工布、康区以及云南丽江等地都有许多属寺。这些属寺的亲教师和禅师等都从直贡寺派去，实行三年或六年轮换制，保证了对这些属寺的领导权。母寺直贡替寺全名直贡替沃门强久林(密严刹土菩提洲)，据说最初在直贡替寺周围有一百零八个泉水，在“直贡寺乱”时期被烧毁。寺内有堪布、翁则、格贵、捕巴、基索第巴等教职人员；有六个拉章和八个活佛转世系统。
