在西藏医学中，被采用作治疗用途的原料多逾二千种，其中包括植物类、动物类及矿物类。在这些药物中，有部份是西藏本地独有的，亦有部份是汉医也经常采用的。
西藏医学对药物学有十分完整的知识，对很多植物、矿物及动物药都有很深的认识及极细微的分类。在西藏药物学中，一株药性植物往往可以分出多种药性不同的材料。同一种植物生长在不同地区、不同季节或不同海拔高度，会衍伸出不同的药性及效用，这些在药物学上有详细讲述。同一株药草的叶、芽、花、果、种子、干、树心、树脂、树汁、树皮及根部又分别有不同的作用，这些都是学习藏医学的人要苦心研究的。有时候，藏医甚至要考虑一株药草长在向阳的山边或向阴的山边而产生的微妙变化。在不适当的地方、季节甚至时间所采集的药材疗效不大，有时完全没有药效，甚至可能会有相反的效用，所以在不同季节采集某些植物会有完全不同的药效及用途！
在以前的西藏，大部份藏医都是自己采药及制药的。他们会依适当的季节及在适当的地区采药。
西藏是一个几乎人人信仰佛法的地方。受到佛教影响，藏医都把采药视为利益众生的一种修行。在采药时，一般是师徒一起，每天清晨受大乘八关斋戒及修诵药师仪轨，然后一起上山采药。采药的过程同时是学生学习的过程，师长会在路上介绍各种药草之特性，或考核学生辨认草药的能力。衲在少年时候曾多次随恩师采药，沿途还会见到很多野生动物。这种采药活动对当时还是一个小孩子的我，是一种乐而忘返的历险。衲是在川北长大的。川北的珍贵药草品种繁多，有些无人山谷中甚至遍地都是野生的贵重草药！在大藏寺（注：祈竹仁宝哲为四川大藏寺之法台）附近的草原，牧民所放牧的牛只天天都在咬吃这些珍贵草药，所以它们所产的牛奶与西方及汉地的牛奶并不一样。这些牛的奶本身就有药性，经常饮用的人身体都很健康，寿命也比其它地区的西藏人为长。
一般来说，夏季与秋季的时分较宜采药，而在这时段中每个月的上旬是最为适时的。花蕾等应在初夏未开前采。树叶及树芽应在盛夏雨季采集。种子、根、枝茎及果实要在秋天收集。树皮则可以在冬天采集。此外，还要配合五行运作之原则来进行：有些果子在初生长时药性最强，有些则在成熟期才最有药用价值，甚至有些药材在不同季节及生长阶段时会产生截然不同的药效，这些细节都是藏医必须掌握的。
草药必须在适合的地区采集。例如一株属寒性的药草，如果长在寒凉之地，则是生长在适当的环境，药力才会强。同一株药草如果长在阳光灿烂的大草原上，它的药力就不会大，所以并不适合采集使用。同一样寒性草药，生长在背阳的山边与向阳的那边所采的，药效大有不同！采集燥性药材则刚刚相反，必须采生长在阳光充沛的地方之药草才能得到佳效，否则小则效低，大则根本无效，等于白走一趟！
有些药的药力精华在于它的气味。在采集此类药材时，必须采有浓烈气味的，否则药用价值就会大打折扣。某些草药在不同的时辰会有不同的药性，所以严格的藏医还要守候至适合的时间才采下。
从现今的角度来说，传统藏医之严格态度不一定合乎经济利益，但他们都把采药视为修行，所以绝不马虎妥协。在现代，藏医虽然在能力范围内仍保持传统，但大多时候都是买现成的药物原料制药，成药也是在药厂内大量制造的。由于现代药厂商业化地大量制药，厂方对药物原料的要求也就不如传统藏医的严格了！
在衲年青的时候，于每次随师采药回来时，村民都会在晚上露天席地而坐，帮忙医师把采回来的药材分类、磨碎、捣汁或切碎。村民会一边持诵观音咒或药师咒，一边帮忙处理药材。这等于是村里季节性的社交场合，大家都很乐意义务帮忙，而且都以一种虔诚的心态来进行这种被视为利益众生的活动。在这时候，所有草药都要分开处理，绝不可以混在一起，否则就会影响药的效用。举个例说：如果把药材与麝香混在一起，这些药材的效用就会大大减低。在采集后，要用手把草药揉搓一番，然后要以风干或晒干的方法处理。寒性的药材必须在阴凉地方风干。燥性的药则以火焙干或以阳光晒干。
衲从少与药物接触，明显觉得以前的药与现代的同一种藏药有很大的效用差别！服用十颗以传统方法制成的药丸就会药到病除的病例，现在则要服用上四、五十颗的同样药物才能见效。按道理说，现代药厂制造的药丸配方及成份与几十年前的并无不同之处，但效力就是比不上！这其中有几种原因：第一是因为现在的药材由于环境污染之因素，药力远远比不上几十年前的同样药材。第二是因为现代的大量采集过程并不完全依乎最严格的传统，不讲究依季节、地区及时辰采药的传统。第三是因为制药全用机器运作，没有像以前般集合众人一边持咒、一边以利益病者的心态来处理药材。西藏医学认为制药及施药者的发心对药效有关键性影响，但今天在座的各位年轻人，可能会认为这是一种不合乎唯物科学的迷信。衲是一个很传统的人，对这种说法是深信不疑的。
在初步处理了药材后，藏医还要以各种方法加工。西藏医学认为任何一种药材都同时包含了药性与毒性。透过“水法”及“火法”，藏医把原始药材中的毒性净化或减弱，并令其药性得以发挥增强，或在某些情况下减低其过猛的性质，甚至改变其药效与作用。
“水法”有几种不同的作法。最简单的是把药材以水洗清杂质。又或放入水中静待片刻，把水倒出另换新水，如此反复地洗净。又或把药物泡于某种药液中，把沉渣晒干捣碎。“火法”则比较复杂，有些药材以炭火直接燃烤。有些要涂上其它药物才烤烧。有些要放在陶器内烤热。有些要混在沙粒内加热。有些则直接炒热或混和其它成份伴炒。某些药材还要混入另外几种药材煮过多遍才能使用。这些加工过程要花上很多的心血，在某些情况下，制药者还要几天几夜轮班控制火候才能成功！有好几种藏药原料是含剧毒的，所以其加工洗毒的过程必须十分谨慎，否则制出来的成药会弄出人命，甚至有时会有人在加工过程中不慎出错而当场中毒身亡！
藏药一般都是制成粉粒、小丸、香枝（注：透过呼吸系统产生治疗作用）、药油及药膏成品的，极少会像汉医那样把原始药材交予病者自行煮制。藏药的配方超过万种，全部是以多种药材配制而成的。有些成药内含十多种药材在内，有些甚至多至逾百种药材成份。在配方中起主要治疗作用的药材称为“君王”，配方中的其它的药材称为“大臣”、“后妃”等。“大臣”及“后妃”等次要成份的作用是增强 “君王“的药效，又或辅助它的发挥，又或是为了保留主药的疗效而克制它的毒性等等。虽然西藏医学中的药方有上万种之多，但医师一般常用的往往只有几百种配方成药。即使是官办的大型药厂也只制造一千种左右的成药。
西藏药物学把药材依性质、效用及味道分类。这一部份的学问是衲在年青时最怕学习的！药性分轻、重等八种。药效分为温、润、凉等十七种。药味分为甘、辛、酸等六种。理解药材本身之性质、效用及味道是配药及下药的成功关键。在对治寒性病患时，要施以热效药物。在对治热性病时，则施以寒效药物。在药味方面，苦味者用作降火，辛味者可以祛寒。在药性方面，必须采用重性药物对治“轻”性病症（注：此并非指病情之浅，乃指心神不安等症）。这些是一般情况下的下药通则，有经验的藏医在某些特别病例情况，有可能会不依以上所述的通则下药。此外，有些偏方并不一定合乎这些通则，却往往也有奇效。在同时包含几种病态之病例上，医师必须分清何者为因、何者为果，依其轻重、主次而下药。一般来说，藏医会先对治严重的病及急性的病标，后再应付较缓轻的病及治疗病本。
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