忏悔的方法如下：首先观想有无数的众生坐于自身周围，从自身顶上本尊心间吽字，放射出无数的光芒，每一道光的前端均有一位本尊，安住于每位众生的顶上；并降下甘露从众生的顶门注入盈满全身，净除一切的烦恼、业障，所有众生均能成就金刚萨埵的果位。行者以慈母视子般的心，观待众生终于能去除痛苦，获得殊胜的成就，于心中生起极大的喜悦，从而圆满喜无量心。其后，所有安住于众生顶上的金刚萨埵本尊，均化光收摄回自身顶上的本尊，再从本尊心间的吽字，放射出无数的光芒，光端均有供养天女手持供物，这些供物无边的放射，供养十方诸佛，诸佛因此供养，于心续中生起空乐不二的大智，产生极大的喜悦。如是观想的目的，在于累积自身的福报。观想供养诸佛毕，接著观想十方诸佛的身、语、意、事业、功德，由顶上金刚萨埵本尊心间，所放射出的光端收摄回本尊心间，本尊具足十方诸佛的威德与圆满。此时，本尊降下白色甘露，给予行者殊胜的加持。观想的方式有三种：一、观想本尊降下的甘露由顶门进入，将行者累世因违犯三昧耶戒所产生的烦恼业障，化为黑色的物体，如同以大水管的水冲洗污秽一般，将这些黑物净除，由二根门排出体外。此种观想方式，可以念诵一次百字明观想一次；亦可念诵七次观想一次，共念诵二十一次；或随自己方便略做调整亦可。二、观想本尊降下白色甘露，由顶门进入盈满全身，业障烦恼化为黑状物，自顶门溢出而净除，如同将垃圾桶注满水，此时桶中的垃圾会溢出桶外一般。三、观想本尊降下无数光与甘露进入全身，烦恼业障因此加持而消失；如同于暗室中点灯，灯亮黑暗随即消失无踪，自身成为光明自性。其后，本尊因行者为求净除烦恼业障而精进修持，心生极大欢喜，从顶上融入自身，此时行者的身、语、意，与本尊无二无别。
欲藉由忏悔净除业障，除了念诵金刚萨埵百字明；尚需具备四力：
一、依止力；众生所造作的恶业，不外乎对三宝不恭敬，或对众生造成伤害；若是对三宝不敬所造作的恶业，可藉由发虔敬心皈依三宝而净除。若是因伤害众生所造恶业，可藉由发慈悲心——愿一切众生离苦得乐而净除之。此依止力犹如大地，欲行忏悔者，不可无之。
二、破坏力：即生起忏悔心，将过去所造作的恶业加以破坏。例如有三个人同时吃了有毒的食物，其中一人已身亡，另一人则奄奄一息，仅剩吾人尚未发作，此时，必然极为慌张恐惧，不知所措。以此为例，思惟众生自无始以来所造无边恶业，有无数的众生已经堕入三恶道，正承受着巨大难以形容的痛苦；也有无数的众生即将堕入三恶道；而吾人非常幸运尚未沦入恶道，是故应生起极大的忏悔心，将累世所造恶业予以摧坏，避免来世堕入三恶道中。
三、防护力：若不慎误食有毒食物，费尽心力方寻得解药服用，将毒物排出体外，若再见到相同的食物，自然知道避免再度误食。行者既能藉由发露忏悔，得以净除烦恼与业障，应避免再去造作恶业，即使生命遭受危害，亦能舍命防护。此因遭受危害之生命，仅止于今生，若是因此而造作恶业，恐将影响十生、百生乃至千生…，其利弊得失不可不知。发起防护心的方式如下：当下不做、一日不做、从此制止永不再犯。四、对治力：实际将烦恼业障去除。藉由修诵金刚萨埵百字明，将心续中的烦恼业障净除；修持此法时，应于心中生起极大忏悔心，思惟自己累世所造恶业，将导致无边的痛苦，今日能值遇此殊胜的教法，内心生起极为深切的感动。
业果会不断增长，今日所做之恶业，待来日因缘成熟时，可能已增长为十倍、百倍、千倍…，因此，上师希望大家从今日起，能每天不间断地修诵金刚萨埵百字明二十一次，若能如此，纵不能立即将所有业障净除，也能防止恶业增长，每天不间断地修持，是具有如此殊胜的效果。
若是不能每天修诵金刚萨埵百字明二十一次，至少需修诵一次，再接著念金刚萨埵本尊的心咒亦可，然以修诵二十一次百字明效果为佳，此法甚为简便易行，寄望诸位能精进不断地修持，必能获致殊胜的利益。
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