元明两朝是萨迦派的全盛期，在蒙古、汉地、康区、安多和卫藏各地都建有寺院。其分布则主要集中于后藏日喀则地区，以及川、青、藏结合部的德格、阿坝、王树等多康地区。
其中，后藏主要为萨迦派的传统势力范围。日喀则地区的萨迦寺饱经风雨，迄今仍是萨迦派的祖庭和中心。其佛殿后的藏经库堪称智慧的宝库，所藏一万余种佛经、佛典，为八思巴时期集中卫、藏、康三地缮写家以金汁、银汁、朱砂、宝石和墨汁精心抄写而成，实为佛教瑰宝。整个萨迦寺共珍藏佛教经藏四万多卷,其中“贝叶经”的藏量居世界之首。萨迦寺以其浩如烟海的藏书、琳琅满目的佛教圣物和独特的建筑风格，赢得“第二敦煌”、“佛教文化的宝库”之美名。
此外，鄂尔唉旺寺（即鄂尔寺，是萨迦派在后藏传播密宗的重要场所）、锡金杰出寺（又名花园寺，乃由绛钦·绕降巴·桑杰培所建的讲授显教的大寺）、色多金寺（即具金色寺，班禅释迦确登曾住持此寺，宏传显密教法）、达纳土登朗加寺（由全知郭绕巴·索南僧格创建）、达仲莫切寺（是擦钦·洛色加措的主要寺届）、珀东唉寺（为珀东·乔勒朗加的珀东学派诸师的驻锡地）、夏鲁寺（全知布敦大师曾任寺主，开创了夏鲁派）等都是后藏地区著名的萨迦派寺庙。
伴随历史的变迁和兴衰的演替，萨迦派在多康地区建立并保存了众多的寺庙。其原因有三：（1）元时，帝师八思巴往返汉藏两地时曾两次途径多康地区，在他的感召与摄受之下，沿途部分原有的本波、宁玛、噶当派寺庙皆改宗了萨迦派，而皈依八思巴等萨迦大师的当地弟子则新建了另一部分寺庙。（2）鄂钦的弟子、大成就者唐东加波在德格创建的更庆寺，成为历代德格土司的家庙。由此因缘，萨迦鄂尔巴在德格地区建立了众多的寺庙。（3）多康地区地处川、青、藏的结合部，独持的地理因素使此地长期以来成为一个“三不管”地带，从而成为所有教派远离政教纷争的一片净土，甚至在拉萨等地几乎绝迹的本教和觉囊派亦在此找到了生存和发展的空间。因此，历史悠久、兼具教理和修持的萨迦派传承在这片土地上得以自然地延续和发展。
这一地区的德格宗萨寺（绛央钦则旺波大师曾在此寺广弘一切宗派的教法）、阿坝县的都布寺、青海玉树的结古寺等都是萨迦派重要的、著名的寺庙。尤为值得一提的是，四川德格县的更庆寺，本名伦珠顶寺，是第四十一代德格士司坚巴彭措时所建，他的长子任寺主，次子继承土司，形成制度，政教大权世代由德格土司统一掌握，所以没有活佛。公元1550年，更庆寺设立德格印经院，专门刊刻藏传佛教经书、各教派重要著述、历法和医学等于余种典籍，是藏区最著名的印经院，对保护、弘扬藏传佛教文化起了重要作用。
另外，前藏地区的萨迦寺庙有彭波那烂扎寺，此寺早先讲授显教，中期主要传授密咒，最后则成为传授萨迦道果弟子释等续部和窍诀的大寺。山南地区有藏区第一座佛教寺庙——著名的桑耶寺，有擦钦的弟子所建的弘扬耳传教法的道场——雅隆扎西（吉祥）寺，还有早期住持萨迦宗巴派和布敦派混合的体系，曾经盛极一时的贡嘎金刚寺等。
直到今天，萨迦派寺庙仍然众多。不仅遍布于整个藏区，还因历史和现实的诸多因缘，在内地和港澳台地区，以及东南亚、南亚、蒙古、欧美等国家和地区，也分布着大大小小的萨迦派寺庙和讲修中心。
现今，萨迦祖寺及众多子寺仍处于兴盛之中。住持和弘扬萨迦派教法的是大乘法王、达钦、擦钦等为首的昆氏家族传承世系的法王们，如用绛央钦则旺波的话来说，则是：“这些仁波切们，仅他们天赋的智慧、能力等功德的微小一分，也是别的自以为是的化身活佛、或名门望族后裔们所不能及的，这是至到现在，大家都能亲眼看见的事实。”由于历代祖师和法王们的大悲护佑与善巧摄持，使萨迦派法脉得以延绵不绝、常盛不衰。
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