藏传佛教各教派之间的主要不同点有以下两个方面：
一、各个教派所修法的经典、法的种类、教授传承不同，形成了各自的修学重点和特色。
二、对正见的认识方面各教派之间存在分歧。自古以来佛教内部各教派之间在皈依三宝、持戒、行善等事法方面没有什么差别，但在涉及空有等哲理正见方面，存在众多分歧。产生这种分歧的原因有两个方面，一是客观上的原因，理谛是高度抽象的认识境界，是超思维和语言的境界，故言“真实理谛非分别思维对象”。从主观上讲，人类的一般分别思维对超理性的真理很难理解，再加上人们的认识能力，粗浅的研究和深细的研究、学识等方面的差别，对同一句经文、概念，就会产生不同的理解，因此产生了他空、自空、非空非有、非思言境等许多不同的理解和解释。这是各教派相互争论不休的主要焦点。
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